Το Κέντρο Πρόληψης «Αθηνά Υγεία» συνεργάζεται με τοπικούς φορείς, συλλόγους και οργανώσεις που δραστηριοποιούνται στην περιοχή της Αθήνας με στόχο την ευαισθητοποίηση, ενημέρωση, εκπαίδευση και ενεργοποίηση τους σε θέματα πρόληψης της εξάρτησης και αγωγής υγείας, την υλοποίηση κοινών δράσεων, τη διάχυση της πληροφορίας προς τους πολίτες σχετικά με τις προσφερόμενες υπηρεσίες του Κέντρου, καθώς και την ανάπτυξη δικτύου συνεργασίας και παραπομπών ανάμεσα στους διαφορετικούς κοινωνικούς εταίρους.
Ενδεικτικά, αναφέρεται η συνεργασία με το Υπουργείο Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης & Θρησκευμάτων και το Υπουργείο Υγείας & Κοινωνικής Αλληλεγγύης, τον Ο.ΚΑ.ΝΑ., το Ε.Κ.ΤΕ.Π.Ν., το Ε.Π.Ι.Ψ.Υ., το ΚΕ.Θ.Ε.Α., το Ψ.Ν.Α. (18 ΑΝΩ), την Κοινωνική Υπηρεσία του Δήμου Αθηναίων, τον Οργανισμό Νεολαίας & Άθλησης του Δήμου Αθηναίων, το ΚΕ.ΕΛ.Π.ΝΟ., την Ε.Ψ.Υ.Π.Ε., το Κ.Ε.Θ.Ι., το Κέντρο Υποδοχής Αστέγων του Δήμου Αθηναίων, το Σώμα Ελλήνων Προσκόπων, το Εκπαιδευτικό Τμήμα της Εθνικής Πινακοθήκης, το Τμήμα Δίωξης Ηλεκτρονικού Εγκλήματος της Ελληνικής Αστυνομίας, το Συνήγορο του Παιδιού, τα Παιδικά Χωριά SOS, το Χαμόγελο του Παιδιού, το Ελληνικό Παιδικό Μουσείο, το Μουσείο Ελληνικής Παιδικής Τέχνης, τις Παιδικές Εξοχές του Δήμου Αθηναίων, το Κέντρο Συμπαράστασης Παιδιών & Οικογένειας, τη Μ.Κ.Ο. «Κιβωτός του Κόσμου», τη Μ.Κ.Ο. «Κέντρο Ζωής» κ.ά.